Straż Graniczna: Po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 strażnica w Sejnach weszła w podporządkowanie Podlaskiego Oddziału Straży Granicznej i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Sejnach (Strażnica SG w Sejnach).
W roku 1995, na stan etatowy 30 funkcjonariuszy SG, stan ewidencyjny wynosił 19 osób.
W ramach reorganizacji struktur Straży Granicznej związanej z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego.