Po wojnie sześciodniowej palestyńscy działacze oskarżyli asz-Szukajriego o brak samodzielności w działaniu. Przewodniczący OWP kierował się w swojej aktywności ustaleniami poczynionymi jeszcze w 1964 z prezydentem Egiptu Gamalem Abdel Naserem, tymczasem po klęsce Arabów w 1967 wśród Palestyńczyków zwyciężyło przekonanie, że bojownicy powinni prowadzić całkowicie samodzielne działania, przede wszystkim zbrojne, nie zwracając uwagi na politykę państw arabskich. Niezadowolenie budziła również treść Palestyńskiej Karty Narodowej, w której nie było mowy o narodzie palestyńskim, całość oparta była na ideach panarabskich. Wreszcie asz-Szukajri nie popierał taktyki walki fedainów, opartej na wypadach na terytorium Izraela i dokonywaniu aktów dywersji oraz napadów na posterunki wojskowe, kibuce lub pojazdyD. Baracskay, The Palestine Liberation Organization: Terrorism and Prospects for Peace in the Holy Land, ABC-CLIO, 2011, , s.80. W organizacji dochodziło do coraz poważniejszych sporów wewnętrznych.