papież Grzegorz XIII przyznał każdoczesnemu inkwizytorowi Capodistrii rentę w wysokości 25 skudów rocznie oraz nadał im beneficja w diecezji Puli, co zapewniło im ekonomiczną niezależność (1580)G. Ancona, Capodistria, [w:] Dizionario Storico dell’Inquisizione, Piza 2010, s. 261..
O późniejszej działalności trybunału w Capodistrii niestety niewiele da się powiedzieć, gdyż jego archiwum zaginęło. Tym większego znaczenia nabierają dwa opracowania autorstwa miejscowych inkwizytorów, zachowane w rękopisach. W 1704 inkwizytor Lorenzo Bragaldi sporządził katalog inkwizytorów Istrii wraz z notami biograficznymi, a w 1748 inkwizytor Stefano Giacomazzi napisał na zlecenie Kongregacji Świętego Oficjum historię trybunału w Capodistrii.
Republika Wenecka przestała istnieć w wyniku inwazji rewolucyjnej Francji w 1797. Po pokoju w Campo Formio (17 października 1797) Capodistria znalazła się w granicach Austrii. Kilka lat później, w wyniku kolejnej wojny francusko-austriackiej, zostało włączone do utworzonego przez Napoleona Bonaparte Królestwa Włoch, którego władze nie zamierzały tolerować dłużej działalności inkwizycji. Dekretem z dnia 28 lipca 1806 konwent S. Francesco w Capodistrii został rozwiązany, co oznaczało jednocześnie także likwidację trybunału inkwizycyjnegoDel Col, s.