Gdy w listopadzie 1947 roku wybuchła wojna domowa w Palestynie, Tabenkin objął dowództwo nad 4 Batalionem Palmach, który w kwietniu 1948 roku wszedł w skład Brygady Harel. Ochraniał konwoje do Jerozolimy i przeprowadził kilka akcji dywersyjno-sabotażowych. Wziął udział w operacji Nachszon (5-20 kwietnia) i w bitwie o al-Kastal (3-9 kwietnia). Następnie uczestniczył w operacji Harel (15-21 kwietnia), bitwie o Nabi Samuil (23 kwietnia) i bitwie o San Simon (27-30 kwietnia). Podczas I wojny izraelsko-arabskiej wziął udział w bitwie o Jerozolimę i bitwie o Stare Miasto Jerozolimy. Następnie ochraniał budowę Drogi Birmańskiej, dzięki której udało się przełamać blokadę Jerozolimy. Zastąpił Icchaka Rabina jako dowódca Brygady Harel, i uczestniczył w operacji Joram (8-9 czerwca), operacji Danny (10-18 lipca) i operacji Horew (22 grudnia 1948-7 stycznia 1949). Wyróżniał się jako niezależny dowódca, który nie wahał się podejmować samodzielnych decyzji. W 1950 roku został zwolniony z wojska.
Praca w cywilu Po odejściu z armii powrócił do kibucu En Charod Me’uchad, gdzie zaangażował