Na początku XXI wieku stworzono Cyfrową Bibliotekę Narodową (BND) działająca we współpracy z bibliotekami narodowymi innych państw europejskich.
Zbiory Zbiory Biblioteki Narodowej Portugalii opierają się głównie na zbiorach Biblioteki Królewskiej Rady Cenzury oraz bibliotek klasztornych. Zawierają ponad trzy miliony pozycji wydanych głównie w Portugalii w okresie od XVI do XXI wieku. Podzielone są na: wydawnictwa zwarte (w układzie przedmiotowym), zbiory specjalne i czasopisma (50 tys. tytułów w tym 12 tys. tytułów obecnie wydawanych czasopism w Portugalii oraz 240 tytułów zagranicznych).
Biblioteka gromadzi również dysertacje i prace naukowe portugalskich uniwersytetów, co do których ma od 1986 prawo otrzymywania w ramach egzemplarza obowiązkowego.
thumb|left|200px|Karta z Biblii de Cervera znajdującej się w zbiorach Biblioteki Narodowej Portugalii
Książki i manuskrypty W Bibliotece Narodowej Portugalii znajduje się wiele rzadkich książek i manuskryptów. Zbiór manuskryptów powstał na bazie sześciu kolekcji, z dokumentów bibliotecznych i archiwalnych pochodzących od XII wieku do lat obecnych. Zbiór zawiera ok. 15 tysięcy kodeksów i 36 tysięcy rękopisów.