thumb|upright|Judyta i Holofernes (1457–1464) W latach 1457–1464 Donatello wyrzeźbił Judytę i Holofernesa. Rzeźba stanowiła metaforę rządów Medyceuszy we Florencji. Początkowo rzeźba znajdowała się na podwórzu Palazzo Medici, w 1495 roku została przeniesiona do Piazza della Signoria we Florencji. Dziewięć lat później rzeźbę ponownie przeniesiono, tym razem do Palazzo Vecchio. Na jej miejscu postawiono Dawida Michała Anioła.
Pod koniec życia Donatello wyrzeźbił również Jana Chrzciciela i Św. Marię Magdalenę. Święci zostali ukazani jako osoby wychudzone na skutek postu i przeżywające religijną ekstazę.
Niewiele wiadomo o jego życiu prywatnym. Nigdy się nie ożenił. Przypuszcza się, że mógł był homoseksualistą. Mają o tym świadczyć anegdoty zawarte w Dzienniku Angelo Poliziana oraz powtarzający się w dziełach rzeźbiarza idealny typ młodzieńca oraz zamiłowanie do męskiego typu kobiety. Mieszkał wraz z matką, aż do jej śmierci w 1432 roku. Pomimo nawiązania kontaktów z wieloma włoskimi humanistami, sam nie uchodził za wykształconego intelektualistę. Według XV-wiecznych relacji Donatello za życia kolekcjonował antyczne rzeźby oraz miał bardzo dużą wiedzę na temat sztuki starożytnej.