Słowacki Zbór Ewangelicki w Pradze został założony w 1947 r. Dla jego potrzeb pozyskano kościół św. Michała na Nowym Mieście, należący przed wojną do Niemieckiego Kościoła Ewangelickiego. Zbór pozostawał częścią senioratu bratysławskiego Kościoła Ewangelickiego Wyznania Augsburskiego na Słowacji.
W efekcie podziału Czechosłowacji na dwa samodzielne państwa w 1993 r., zbór słowacki w Pradze dokonał rejestracji jako samodzielny kościół.
Dalszy rozwój kościoła związany jest z księdzem Jamesem Altonem Krikavą, duchownym Kościoła Luterańskiego Synodu Missouri. W 1994 r. założył w Pilźnie organizację misyjną Myšlienky viery. Równocześnie zorganizował ewangelicką wspólnotę religijną, do której przeszli członkowie grupy misyjnej. Dzięki jego staraniom powstał też zbór angielskojęzyczny w PradzeSlovenský evanjelický cirkevný zbor augsburského vyznania v Prahe - Naša história.
Latem 2004 r. powstała czeskojęzyczna stacja kaznodziejska w Pradze, przekształcona jesienią 2005 r. w samodzielny zbór.
Stacja kaznodziejska w Brnie została założona w 2006 r., a od 1 stycznia 2010 r. funkcjonuje jako niezależny zbór.