Nazwa rodzaju Nipponia wywodzi się od nazwy nadanej przez Temmincka. Epitet gatunkowy nippon pochodzi od słowa Nippon, będącego nazwą Japonii w języku japońskim. Zoolog odnotował, że we wspomnianym państwie ptak nazywany jest toki (トキ). Nazwa ta przetrwała do czasów współczesnych.
Genetyka Na kariotyp ibisa czubatego składa się 10 par makrochromosomów (wliczając w to chromosomy płci) oraz 24 pary mikrochromosomów, co daje 2n=68. Chromosom płciowy Z jest metacentryczny, zaś chromosom W niemalże telocentryczny i około połowy mniejszy od chromosomu Z (system determinacji płci ZW). Problemem, jaki dotyka niewielką żyjącą populację, jest małe zróżnicowanie genetyczne – doświadczyła efektu wąskiego gardła. Mitochondrialny DNA chińskich i japońskich ptaków różni się jedynie 11 parami zasad spośród 16 793 występujących w mtDNA. Wśród 36 zbadanych ptaków z prowincji Shaanxi wyróżniono dwa haplotypy, zróżnicowanie haplotypowe wyniosło 0,386 ± 0,07%, a nukleotydowe 0,069% ± 0,013.