Akademia Medyczna w Łodzi thumb|150px|left |Rektorat Uniwersytetu Medycznego w ŁodziW 1959 roku przeniósł się do Łodzi, gdzie początkowo pracował na stanowisku kierownika wydziału zdrowia w Radzie Narodowej miasta Łodzi. Jednocześnie rozpoczął pracę w Akademii Medycznej, gdzie stworzył Zakład Organizacji Ochrony Zdrowia, przekształcony w Katedrę w 1969 roku. Dzięki staraniom Janusza Indulskiego powstał ośrodek pracy dydaktycznej i naukowej w zakresie zdrowia publicznego, którego kulminacją było powstanie uczelnianego Instytutu Medycyny Społecznej.
Janusz Indulski był kierownikiem polskiego zespołu w międzynarodowym badaniu opieki zdrowotnej przez jedenaście zespołów badawczych w siedmiu krajach (Polska, USA, Finlandia, Argentyna, Kanada, Jugosławia i Wielka Brytania). Celem badań był pomiar korzystania z opieki zdrowotnej i jego zależność od czynników systemowych, predysponujących i demograficznych. Badania przeprowadzono w Łodzi i w województwie łódzkim na terenie zamieszkałym przez 700 tysięcy osób.