W latach sześćdziesiątych XV wieku wzniesiono chór muzyczny przy zachodnim krańcu hali. Prace budowlane ukończono w I połowie XVI wieku i w takiej postaci świątynia przetrwała do dziś (2014).
W późniejszym okresie dokonano tylko stosunkowo drobnych zmian – jedną z południowych kaplic rozebrano, po 1760 roku wznosząc na jej miejscu nową barokową kaplicę, częściowo przebudowano też jedną z kaplic północnych, w 1755 roku zbudowano pod kościołem dwie krypty, w których pochowano szczątki ponad 840 zmarłych ekshumowanych z cmentarza przykościelnego i ze starszych miejscowych krypt oraz kościoła minorytów w Znojmie, rozebrano również gotycką wieżę, stawiając w innym miejscu obecną wieżę w latach 1843–1847. Znajdują się w niej dwa dzwony z 1442 roku (2200 kg i 200 kg), dzwon z 1955 (60 kg) i dwa dzwony z 2003 roku (1027 kg i 586 kg). Jest też przechowywany pęknięty dzwon z roku 1630 o wadze 350 kg.