Kościół posiada bogate wyposażenie, pochodzące z różnych epok od XVI do XIX wieku. Ołtarz główny, późnobarokowy pochodzi z około 1750 roku, uzupełniony i częściowo przekształcony w 1898 roku przez Józefa Aszklara, rzeźbiarza z Lubatowej. W jego głównym polu rokokowa rzeźba Ukrzyżowanego z końca XVIII wieku, na zasuwie ołtarza obraz Ostatnia Wieczerza, a w zwieńczeniu wizerunek św. Małgorzaty. Nawę od prezbiterium oddziela płaskorzeźbiona balustrada z II poł. XVII wieku (pochodząca z nieistniejącego kościoła jezuitów w Krośnie). Pod prezbiterium znajdowały się krypty z doczesnymi szczątkami kolatorów. Podczas przebudowy kościoła zostały one jednak zniszczone. Krypty zostały odtworzone 1995 roku i do nich złożono ponownie kości. Dwa ołtarze boczne z około 1750 roku, uzupełnione w 1898 roku (w polu głównym ołtarza po prawej stronie zachował się XVII-wieczny obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem w typie obrazu z Santa Maria Maggiore, pochodzący ze starego kościoła). Na belce tęczowej Grupa Pasji z około połowy XVIII wieku. Ambona późnobarokowa z ornamentami w stylu regencji.