Dobrowolskiego została rozebrana kaplica św. Stanisława, a kaplica św. Anny została przeznaczona na kruchtę. Przed 1918 rokiem przebudowana została zakrystia, a budowla została wymalowana. W 2012 roku część tynków została wymieniona i odnowiono świątynię a także wykonano rekonstrukcję i remont polichromii.
Wnętrze We wnętrzu kościoła zachowały się liczne zabytkowe elementy wyposażenia. Należą do nich dwie kamienne kropielnice z XV–XVI wieku oraz wczesnobarokowa chrzcielnica z czerwonego marmuru, wykonana około 1623 roku, z herbem fundatora, ks. Gabriela Prowansjusza. W kościele znajdują się również marmurowe epitafia, upamiętniające m.in. ks. Gabriela Prowansjusza, Marcina Dębskiego, burgrabiego i wicestarostę czerskiego, oraz ks. Kazimierza Jana Szczukę, biskupa chełmińskiego. Zachowały się także barokowy prospekt organowy z trzeciego ćwierćwiecza XVII wieku oraz ambona z pierwszej połowy XVIII wieku.