W związku z dochodzeniem przeciw Soranzo dwukrotnie (w 1550 i 1551) przebywał w Bergamo w charakterze komisarza Świętego Oficjum inkwizytor Como Michele Ghislieri OP, późniejszy papież Pius V. Konsekwencją dochodzeń inkwizycyjnych wobec Vittore Soranzo było ostatecznie pozbawienie go stanowiska biskupiego w 1558. Już wcześniej nastąpiło faktyczne przejęcie zarządu diecezją przez wikariusza generalnego jako komisarza Świętego Oficjum.
Od 1548 w trybunale inkwizycyjnym w Bergamo zasiadali przedstawiciele miejscowych władz świeckich. W tej postaci trybunał ten funkcjonował aż do upadku Republiki Weneckiej w wyniku inwazji rewolucyjnej Francji i proklamowania przez rewolucjonistów Republiki Cisalpińskiej (1797). Nie zachował się żaden dokument formalnie znoszący trybunał w Bergamo, jednak najprawdopodobniej do jego likwidacji doszło w lipcu 1797.
Organizacja Siedzibą trybunału w Bergamo był konwent dominikański S. Stefano. Na jego czele stał zawsze inkwizytor wywodzący się z prowincji lombardzkiej zakonu dominikanów. Jego jurysdykcji podlegała diecezja Bergamo. Podlegało mu 17 wikariuszy i 4 wikariuszy rejonowych.