Według ówczesnych zwyczajów United States Army Air Service będące już w służbie samoloty otrzymywały nowe oznaczenie, jeżeli w następnej wersji były napędzane innymi silnikami niż w poprzedniej. Prawdopodobnie wersja 41 tego samolotu była napędzana silnikami Wright-Hispano, zamiast oryginalnych Curtiss OXX-6. thumb|left|Rozbity A-5066 W grudniu 1922 jeden z Aeromarine 40 (numer seryjny A-5066, być może przebudowany na model 41) został przydzielony na okręt hydrograficzny USS „Hannibal” (AG-1) operujący w kubańskich wodach. 25 maja 1923 samolot został poważnie uszkodzony, przebywając na wodzie uderzył w jakąś podwodną przeszkodę lub jego kadłub został rozbity falą i samolot został wycofany z użytku. W raporcie powypadkowym zasugerowano, że ten typ samolotu jest zbyt delikatny do zadań pełnomorskich i nie powinien być więcej używanych do pełnomorskich zadań hydrograficznych.
Samoloty zostały wycofane ze służby USN w połowie lat 20.
Dwa samoloty tego typu zostały odkupione od USN przez United States Coast Guard. Samoloty stacjonowały w bazie lotniczej USCG w Morehead City aż do jej zamknięcia.