Na terenach II Rzeczypospolitej zajętych przez ZSRR zbory członkowskie Związku zostały poddane represjom, a po 1944 wcielone do utworzonej z woli KPZR Ogólnozwiązkowej Rady Ewangelicznych Chrześcijan-Baptystów.
Kontynuatorem działalności Związku i jego jednostek organizacyjnych jest zgodnie z art. 4 ustawy z dnia 30 czerwca 1995 o stosunku Państwa do Kościoła Chrześcijan Baptystów w Rzeczypospolitej Polskiej Kościół Chrześcijan Baptystów w RP.
Ustrój Struktura organizacyjna związku była demokratyczna. Składał on się z lokalnych wspólnot wyznawców (zborów) samodzielnie powołujących swoich duszpasterzy i wybierających swoich przedstawicieli do organu uchwałodawczego całej denominacji (zjazd). Zjazd skupiający delegatów zborów dokonywał wyboru kilkuosobowej Rady Naczelnej, której przewodniczył prezes. Do 1939 odbyło się 13 zjazdów.
Ze względu na brak osobowości prawnej Związku sprawy majątkowe tej wspólnoty religijne prowadzone były w ramach zarejestrowanego w 1929 Stowarzyszenia Wzajemnej Pomocy BaptystówHenryk Ryszard Tomaszewski, Baptyści w Polsce w latach 1918–1958, Warszawa 2008 , s.