Z 30 redukcji utworzono autonomiczne państwo, Chrześcijańską Republikę Guarani, która była podległa Królowi Hiszpanii.
Księża działali również na rzecz ochrony Indian przed systemem encomiendy, praktykowanym przez hiszpańskich osadników, opartym początkowo na niewolniczej a później na pańszczyźnianej pracy ludności indiańskiej i na prawie ściągania od Indian daniny należnej koronie hiszpańskiej w zamian za opiekę nad nimi.
Indianie byli zachęcani do chrystianizacji i osiedlania się w redukcjach, przy czym nie byli poddawani europeizacji i zachowywali własne tradycje, a Jezuici zachęcali ich do uprawy ostrokrzewu paragwajskiego do produkcji yerba mate. Księża uczyli Indian rolnictwa i hodowli.
Jezuici rezydowali w kraju do 1768, kiedy to zostali wygnani z Ameryki Łacińskiej.
XXI wiek Kościół katolicki jest w Paragwaju największa chrześcijańską wspólnotą wyznaniową, jednak jego wpływ na państwo jest dużo słabszy niż w większości krajów Ameryki Łacińskiej. Z każdym rokiem rośnie liczba wyznawców odbywających niekonwencjonalne praktyki religijne.