Z kolei Burundi, gdzie hierarchia społeczna oraz podziały etniczne były o wiele mniej sztywne i znacznie bardziej skomplikowane niż w sąsiednim państwie, rozpoczęło niepodległy byt jako monarchia konstytucyjna, w której duże wpływy zachowali Tutsi. Pod wpływem szeregu czynników relacje pomiędzy obiema grupami etnicznymi szybko uległy jednak gwałtownemu pogorszeniu. Nieudany zamach stanu, przeprowadzony przez grupę oficerów Hutu w październiku 1965, umożliwił kontrolowanej przez Tutsi armii zdobycie dominującego wpływu na sprawy państwa. Po kilkumiesięcznym okresie trudnej koabitacji wojsko obaliło monarchię i proklamowało powstanie tzw. Pierwszej Republiki (28 listopada 1966). Na czele państwa stanął dotychczasowy premier i minister obrony – kapitan Michel Micombero.