W czasie panowania w Toskanii dynastii Medyceuszy inkwizycja działała w tym kraju bez większych przeszkód. Zmiana nastąpiła po przejęciu władzy przez Habsburgów w latach 30. XVIII wieku. Książę Franciszek I Lotaryński już w 1743 odebrał inkwizycji kontrolę nad cenzurą publikacji. Na około dekadę (ok. 1743–1754) działalność inkwizycji toskańskiej była faktycznie zawieszona. W 1746 rząd księstwa nie uznał nominacji Giuseppe Antonio Boschiego na inkwizytora Pizy i w rezultacie urząd ten wakował przez siedem lat. Ostateczne zniesienie inkwizycji w Toskanii, w tym także trybunału pizańskiego, nastąpiło jednak dopiero 5 lipca 1782 na mocy dekretu księcia Leopolda IIDel Col, s. 733; Bahrabadi, s. 5-6..
Organizacja Siedziba trybunału znajdowała się we franciszkańskim konwencie S. Francesco w Pizie. Jego jurysdykcji podlegała archidiecezja pizańska, kilka okręgów położonych w diecezjach Lukki (Lari i Ripafratta), Volterry (Rivalto) oraz diecezja San Miniato, z tym, że nad tą ostatnią diecezją inkwizytor Pizy sprawował nadzór wspólnie z inkwizytorem Florencji. Okręg ten był podzielony na mniejsze jednostki terytorialne tzw. wikariaty, na czele których stali podlegli inkwizytorowi wikariusze. Specjalny status miał wikariat w mieście portowym Livorno.