Zbiory przyporządkowano do archiwum diecezjalnego (w 1939 liczyły około 200 000 egzemplarzy), a w seminarium pozostał jedynie zbiór podręczny. Podczas okupacji hitlerowskiej zbiory zmagazynowano w kościele św. Michała Archanioła przy ul. Stolarskiej, który Niemcy zamienili na magazyn książek. W 1944 alianci zbombardowali ten teren i część księgozbioru spłonęła, w tym kolekcja Migne'a i 40 000 starodruków. Dużą część rozkradziono po wyparciu Niemców i przed zabezpieczeniem kościoła przez władze polskie (straż uniwersytecką). Uratowała się większość książek zgromadzonych w dolnym kościele (świątynia jest dwupoziomowa), a także wywiezionych do Smogulca (inkunabuły). W epoce PRL dyrektor instytucji, ks. Feliks Lenort, sprowadzał do księgozbioru pozycje zakazane przez władze komunistyczne. W 2011 biblioteka liczyła ponownie około 200 000 woluminów.
Charakterystyka zbioru Książnica jest jedną z trzech najbardziej cenionych tego typu w Polsce, po bibliotekach KUL i UKSW, a korzystają z niej uczeni z terenu całego kraju. Jest jedyną w Polsce, przy której funkcjonuje własne wydawnictwo.