W latach 90. XIII wieku w Bolonii odbyła się jedna z ostatnich odnotowanych akcji inkwizycyjnych przeciwko katarom we Włoszech. Mimo że w Bolonii katarzy byli niewiele znaczącą mniejszością, działania przeciwko nim nie były bezwarunkowo akceptowane przez ludność i w maju 1299 doszło do tumultu przeciwko inkwizytorom, który jednak został szybko spacyfikowany. W pierwszej dekadzie XIV wieku trybunał boloński koncentrował się na ściganiu członków sekty braci apostolskichDel Col, s. 103-105..
Bolonia była jednym z głównych ośrodków zakonu dominikańskiego we Włoszech w średniowieczu. W mieście tym mieściło się zakonne studium generale, które może uchodzić za prawdziwą kuźnię kadr inkwizycji. Wielu średniowiecznych inkwizytorów bolońskich pełniło funkcję regenta studiów w bolońskim studium generale i wykładało na miejscowym uniwersytecie. Trybunał inkwizycji w Bolonii był najważniejszym i najbardziej prestiżowym trybunałem inkwizycyjnym w dominikańskiej prowincji zakonnej Lombardii Dolnej, utworzonej w 1304Tavuzzi, s. 6-7, 110.. Od końca XIV wieku Bolonia stała się ośrodkiem ruchu obserwanckiego w zakonie dominikańskim. Konwent S. Domenico w 1459 wszedł w skład nowo utworzonej Kongregacji Lombardzkiej, będącej autonomiczną strukturą w zakonie dominikańskim, niezależną od władzy prowincjała Lombardii Dolnej.