W 1797 wskutek inwazji rewolucyjnej Francji na północy Włoch oraz wspieranych przez nią rebelii Republika Wenecka przestała istnieć. Nie miało to jednak bezpośrednich konsekwencji dla trybunału zadarskiego, gdyż po pokoju w Campo Formio w październiku 1797 Dalmacja znalazła się w granicach Austrii i dopiero w 1805 została zajęta przez Francuzów. 8 stycznia 1807 władze francuskie zlikwidowały konwent dominikanów w Zadarze, a wraz z nim trybunał inkwizycyjny. Ostatni inkwizytor Zadaru, Ivan Antun Marija Cebalo, zmarł w 1814Zob. Del Col, s. 735-736; Tomo Vereš, Dominikansko opće učilište u Zadru: 1396-1807 : prvo hrvatsko sveučilište, Globus 1996, s. 76; Ivan Antun Marija Cebalo (Žrnovo, 1738. - Zadar, 1814).
Organizacja Siedziba trybunału znajdowała się w dominikańskim konwencie S. Domenico w Zadarze, należącym do dalmackiej prowincji tego zakonu. Inkwizytor Zadaru tytułowany był jako generalny inkwizytor Dalmacji, gdyż oprócz archidiecezji Zadaru podlegało mu także dwanaście pozostałych diecezji tego regionu, w których reprezentowany był przez swoich wikariuszy, tj.Pio, s. 41; Veronese, s. 180;