Szczególną trudnością w związku z ubezpieczeniem aktywów jest określenie odpowiedniej składki obowiązującej w stosunku do aktywów jednolitych i złożonych, która zasadniczo powinna odzwierciedlać wycenę ubezpieczonych aktywów oraz związane z nimi ryzyko. Kolejnym problemem jest to, że z technicznego punktu widzenia obsługa systemu ubezpieczenia aktywów jest trudna w sytuacji, gdy gwarantowane aktywa są wykazywane w bilansach licznych banków, nie zaś skoncentrowane w jedynie kilku większych bankach. Ponadto fakt, że gwarantowane aktywa w dalszym ciągu są wykazywane w bilansach banków, może powodować konflikty interesów. Nie występuje też ważny z psychologicznego punktu widzenia efekt wyraźnego oddzielenia „dobrych” banków od „złych” aktywów.
„Bad banks” w praktyce Portugalia W 2014 r. portugalski bank uniwersalny (BES) został podzielony przez lokalnego regulatora na dwie osobne instytucje: Novo Banco, który przejął zdrowe aktywa i rozpoczął działanie jako bank nieobciążony złymi kredytami, oraz BES, który stał się złym bankiem zarządzanym przez bank centralny i lokalny odpowiednik polskiego Systemu Ochrony Banków Komercyjnych.