W październiku 2008 r. bank znalazł się w trudnej sytuacji, gdy drastycznie pogorszyło się otoczenie finansowe. Jako największy łotewski bank bez silnej zagranicznej spółki dominującej najbardziej ucierpiał na braku zaufania w łotewskim sektorze finansowym. Masowe wycofywanie pieniędzy z banku w czasie kryzysu finansowego w 2008 r. spowodowało dzienne wypływy środków w wysokości 100 milionów EUR, co dało w rezultacie 36-procentowy spadek depozytów w porównaniu z końcem 2007 r. i doprowadziło do kryzysu płynności banku. W celu zapobieżenia dalszemu wypływowi depozytów łotewski nadzór finansowy nałożył ograniczenia w zakresie wycofywania depozytów z tego banku.
W wyniku problemów finansowych Parex banka został częściowo znacjonalizowany w drodze nabycia wszystkich akcji będących własnością byłych akcjonariuszy większościowych za symboliczną łączną cenę nabycia wynoszącą 2 LVL (około 3 EUR).
1 sierpnia 2010 dokonano podziału Parex banka na nowo utworzony tzw. „dobry bank” pod nazwą AS Citadele banka („Citadele”), który przejął wszystkie aktywa związane z podstawową działalnością i niektóre aktywa