Około 1520 (lub krótko przed) okręg Alessandrii i Tortony został definitywnie podzielony na dwa niezależne trybunały inkwizycyjne. Inkwizytorowi Alessandrii podlegała odtąd także diecezja Acqui Terme. Inkwizytorów Alessandrii mianowali zwierzchnicy dominikańskiej prowincji św. Piotra Męczennika (Lombardii Górnej)Tavuzzi, s. 10-12, 237; Cipriano Uberti, Tavola degli Inquisitori, Novara 1586, nr 165 ..
W 1542 papież Paweł III utworzył Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, będącą organem Kurii Rzymskiej, która w ciągu następnych kilkudziesięciu lat przejęła kontrolę nad działalnością trybunałów inkwizycji we Włoszech. Ostatnim inkwizytorem Alessandrii mianowanym przez władze zakonne był Vincenzo Pecora (1564)Cipriano Uberti, Tavola degli Inquisitori, Novara 1586, nr 165 . Jego następcy byli mianowani przez Kongregację.