Po wprowadzeniu w Polsce stanu wojennego w 1981 Stefański, wraz z rodziną (żoną i dwiema córkami) pozostał w Niemczech, gdzie występował i nagrywał z wieloma znanymi muzykami jak Carla Bley, Joachim Kühn, Albert Mangelsdorff, Charlie Mariano, Steve Swallow, John Tchicai, Jasper van ’t Hof, Miroslav Vitouš, Carlos Ward czy Władysław "Adzik" Sendecki (Vladislav Sendecki - Vladyslav Sendecki) i Leszek Żądło (Polish Jazz Ensamble). Był liderem zespołu Janusz M. Stefański JazzArt.
Zaliczany do czołówki europejskich perkusistów jazzowych, zapraszany na nagrania do wielu europejskich rozgłośni radiowych i stacji telewizyjnych (Polska, Czechy, Austria, Szwajcaria, Belgia, Dania). Ma na swoim koncie nagrania do ponad 70. albumów. Komponował też muzykę filmową (m.in. do kilku niemieckich filmów telewizyjnych).
Był członkiem kadry naukowej Wyższej Szkoły Muzycznej przy Uniwersytecie Johanna Gutenberga w Moguncji, gdzie od 1993 wykładał perkusję i teorię rytmu. W latach 2000−2003 był też wykładowcą Uniwersytetu Muzyki i Sztuki we Frankfurcie nad Menem. W 2009 nadano mu honorowy tytuł profesora Uniwersytetu Johanna Gutenberga.