Został tam pochowany w podziemiach kościoła.
Kult Jego grób stał się miejscem nawiedzanym przez miejscową ludność, która jego wstawiennictwu przypisywała wiele otrzymanych łask. Były one dd połowy XVIII wieku zapisywane w specjalnej księdze. W 1740 przeor zakonu uzyskał od biskupa wileńskiego Michała Zienkowicza pozwolenie na złożenie trumny ojca Fabiana w grobie fundatorów kościoła. Odkryto wówczas, że jego ciało nie uległo rozkładowi. W 1744 sejmik ziemi mińskiej zwrócił się do synodu w Wilnie z prośbą o poczynienie kroków w sprawie beatyfikacji. Kilka lat później pierwsze dokumenty zostały przesłane do Rzymu, były jednak niekompletne. Co roku 22 lipca w kościele odbywał się ceremoniał zmiany habitu zmarłego, związany z jego objawieniem się jednemu z zakonników. Kult trwał aż do kasaty zakonu przez władze carskie w 1832 i parafii w 1867, co było efektem nie tylko powstania styczniowego, ale również działań duchowieństwa prawosławnego. Kościół został zamieniony na cerkiew, a trumna z ciałem ojca Fabiana ukryta i zasypana w podziemiach. Po odzyskaniu niepodległości odżył na nowo jego kult. W 1922 odkopano trumnę, a biskup miński Zygmunt Łoziński rozpoczął proces informacyjny. Jego następca Kazimierz Bukraba w 1934 wydał list do wiernych i powołał komitet mający propagować postać Fabiana Maliszowskiego.