Przeciwnikami utworzenia Wydziału byli duchowni katoliccy ks. Franciszek Jehliczka i o. Jan RostworowskiWoldemar Gastpary, Protestantyzm w Polsce w dobie dwóch wojen światowych 1914–1939, Warszawa 1978, s. 172.. Do Wydziału negatywnie nastawiony był Ewangelicki Kościół Unijny w Polsce z konsystorzem w Poznaniu oraz profesorowie prowadzonego przez ten Kościół Ewangelickiego Seminarium Kaznodziejskiego i Szkoły Teologicznej w PoznaniuWoldemar Gastpary, Protestantyzm w Polsce w dobie dwóch wojen światowych 1914–1939, Warszawa 1978, s. 170–171..
W latach 30. Wydział posiadał 4 profesorów zwyczajnych, 1 zastępcę profesora oraz 4 profesorów prowadzących zajęcia zlecioneStefan Grelewski, Wyznania protestanckie i sekty religijne w Polsce współczesnej, Lublin 1937, s. 217.. Prowadzone tam studia trwały 4 lata. W roku akademickim 1931/1932 studia na Wydziale odbywało ogółem ok. 100 studentów.
Struktura organizacyjna Wydziału w okresie II Rzeczypospolitej była następująca: Katedra Egzegezy Starego Testamentu Katedra Egzegezy Nowego Testamentu Katedra Teologii Historycznej Katedra Teologii Systematycznej Katedra Teologii PraktycznejZob. Stefan Grelewski, Wyznania protestanckie i sekty religijne w Polsce współczesnej, Lublin 1937, s.