Po wybuchu II wojny światowej w 1939 i kampanii wrześniowej zaangażował się w działalność konspiracyjną. Został organizatorem transgranicznej siatki przerzutowej żołnierzy Wojska Polskiego. Wskutek prowadzonego przez Niemców śledztwa i dokonanej prowokacji organizator trasy kurierskiej Józef Rec dokonał nieświadomie dekonspiracji, wskutek czego Wawrosz został aresztowany przez Gestapo w Huzelach i 18 marca 1940 o godz. 17:20 osadzony w więzieniu w Sanoku. W dniu 5 lipca 1940 wyrokiem niemieckiego sądu specjalnego (Sondergericht) w siedzibie przy sanockim więzieniu został skazany na karę śmierci. Nad ranem 6 lipca 1940 wraz z grupą więźniów został wywieziony z Sanoka i rozstrzelany w lesie na stoku góry Gruszka nieopodal Tarnawy Dolnej. Egzekucję wykonał 45 Batalion Policyjny stacjonujący w Rzeszowie.
Dwór Czesława Wawrosza w Myczkowie uległ zniszczeniu podczas II wojny światowej.