W latach 1550–1552 inkwizytor Giovanni Battista Chiarini prowadził dochodzenie przeciwko kilkudziesięciu osobom podejrzanym o prokalwińskie sympatie. Napotkał na opór miejscowego podesty, który doprowadził do interwencji Senatu księstwa Mediolanu. Senat wezwał inkwizytora do wytłumaczenia się z podjętych działań. Chiarini podporządkował się temu zarządzeniu, za co został upomniany przez Kongregację Świętego Oficjum, która uznała to za bezprawną ingerencję władz świeckichDel Col, s. 330-331..
W latach 1626–1659 urzędnikiem trybunału w Cremonie był prawnik Cesare Carena, autor jednego z najczęściej drukowanych podręczników dla inkwizytorów zatytułowanego Tractatus de Officio Sanctissimae Inquisitionis et Modo Procedendi in Causis Fidei.
Trybunał inkwizycyjny w Cremonie został zniesiony po śmierci inkwizytora Tommaso Antonio Ricciego (26 stycznia 1775). Cesarzowa Maria Teresa Habsburg, rządząca księstwem Mediolanu, nie zgodziła się na mianowanie jego następcy i 9 marca 1775 wydała dekret zakazujący mianowania nowych inkwizytorów lub ich wikariuszy na terytorium księstwa, co w praktyce oznaczało rozłożone w czasie całkowite zniesienie inkwizycjiDel Col, s. 733..