Wraz z pułkiem wziął udział w kampanii wrześniowej w 1939. Po kapitulacji powrócił do Garwolina i rozpoczął pod pseudonimem „Kościesza” tworzenie konspiracyjnej organizacji, skupiającej żołnierzy 1 pułku strzelców konnych – ZWZ/AK Obwodu „Gołąb”. W Komendzie Obwodu pełnił funkcję szefa kontrwywiadu. Od 1941 redagował konspiracyjne czasopismo „Apel”. 17 lipca 1942 został aresztowany przez niemieckie władze okupacyjne. Był więziony na Pawiaku do grudnia 1942, a następnie w obozie na Majdanku, gdzie zginął 27 marca 1943.
Życie prywatne 14 kwietnia 1923 zawarł związek małżeński. Miał dwie córki: Barbarę Zofię (ur. 31 grudnia 1925) i Krystynę Irenę (ur. 22 marca 1930).
Twórczość mały|Zdjęcie z kolekcji Narcyza Witczaka-Witaczyńskiego mały|Kamień pamiątkowy poświęcony Narcyzowi Witczak-Witaczyńskiemu w Garwolinie Od początku swojej służby w Szwadronie Przybocznym dokumentował przy pomocy fotografii dzieje Wojska Polskiego, a szczególnie codzienne życie kawalerii. Jako jeden z nielicznych miał prawo fotografowania Naczelnika Państwa i Naczelnego Wodza Wojska Polskiego marszałka Józefa Piłsudskiego i najważniejszych osobistości II RP, polityków i wojskowych. Był jednym z najbardziej popularnych fotoreporterów wojskowych.