Mecze rozegrano od 30 do 31 października 2012.
|colspan="3" style="background-color:#FFCCCC"|30 października 2012
|colspan="3" style="background-color:#FFCCCC"|31 października 2012
* - dogrywka
Ćwierćfinały Data Liga Gospodarze Goście Wynik 16.04.2013 BL – RL Rapid Wiedeń – FC Pasching 0:1 (0:0) Bramki: 0:1 (61.) Nacho Casanova 16.04.2013 BL – BL Wacker Innsbruck – Red Bull Salzburg (M, P) 0:3 (0:1) Bramki: 0:1 (44.) Jonathan Soriano, 0:2 (53.) Martin Švejnoha (sam.), 0:3 (89.) Jonathan Soriano 17.04.2013 BL – BL Wolfsberger AC – Austria Wiedeń 1:2 (0:1) Bramki: 0:1 (20.) Philipp Hosiner, 0:2 (66.) Alexander Grünwald, 1:2 (83.) Rubén Rivera 17.04.2013 BL – RL SV Ried – LASK Linz 2:1* (1:1, 1:0) Bramki: 1:0 (41.) Robert Žulj, 1:1 (90+4.) Radovan Vujanović, 2:1 (106.) Marco Meilinger Legenda: BL = Bundesliga – RL = Regionalliga * = wynik po dogrywce M: Mistrz kraju – P: Zdobywca pucharu
Półfinały Losowanie par odbyło się 21 kwietnia 2013 roku.