Odmówił wyjazdu do Wietnamu, ale zamiast procesu został skierowany na treningi dziesięcioboju w programie przygotowawczym do olimpiady w 1968 roku. W igrzyskach zajął szóste miejsce wśród 33 zawodników.
W 1970 roku uzyskał doktorat z medycyny na Stanford University. Po kontuzji kolana w 1972 roku skupił się na medycynie i zaczął ujawniać swoją orientację wśród znajomych. Jako lekarz pracował w różnych szpitalach na Bliskim Wschodzie i osobisty lekarz jednego z saudyjskich książąt oraz lekarz saudyjskiej drużyny olimpijskiej na igrzyskach w 1976 roku.
W 1981 roku związał się z Zohnem Artmanem. W tym samym roku poznał lekkoatletkę Sarę Lewinstein i, ponieważ od dawna chciał zostać ojcem, para zdecydowała się na dziecko. Córka Jessica urodziła się w 1983 roku, a Waddel i Lewinstein pobrali się w 1985 roku.
W 1982 roku zorganizował w San Francisco pierwsze Gay Olympic Games, ale nazwę zmieniono na Gay Games ze względu na spory prawne z Komitetem Olimpijskim USA, a proces zakończył się w Sądzie Najwyższym USA. W 1985 roku wykryto u niego AIDS, rok później brał udział w drugiej edycji Gay Games. Zmarł z powodu komplikacji powiązanych z AIDS 11 lipca 1987 roku w San Francisco.