5 marca 1738 został desygnowany na profesora matematyki i astronomii do Kolegium Mniejszego. W związku z tym we wrześniu 1738 przedstawił dysertację Questio astronomica de singulis planetarum orbibus ex Almagesti Ptolomaei.... Praca ta była całkowicie oparta na Ptolemeuszu; o heliocentryzmie Mikołaja Kopernika pisał Przypkowski, że ta „hipoteza... jakkolwiek wedle niektórych pozwala łatwiej objaśnić zjawisko ruchu planet, jednak, z powodu sprzecznego z Pismem potrójnego ruchu Ziemi usuniętej ze środka świata, jest nie do przyjęcia”. Poglądy na temat teorii kopernikańskich znajdujących się w pracy Przypkowskiego można było znaleźć w większości dzieł ówczesnych astronomów krakowskich.
W 1743 został dziekanem Wydziału Filozoficznego, ponadto kilkakrotnie reprezentował interesy uczelni na sejmie w Warszawie. Od 1744 był notariuszem rektora, tego roku został powołany na członka Kolegium Większego, otrzymując jednocześnie kanonię w kolegiacie św. Anny w Krakowie. Od 17 września 1745 Przypkowski opłacany był jako profesor królewski. W 1746 został Archidiakonem kolegiaty św. Anny, następnie prokuratorem kościoła św. Anny.