Po rozbiciu plutonu na skutek denuncjacji w 1943 opuścił Kraków z zamiarem wstąpienia do partyzantki. W lasach chroberskich spotkał oddział Gwardii Ludowej do którego wstąpił. Przyczynił się również do tego, że reichsdeutsch Wilhelm Zelazko, dezerter z armii niemieckiej przyłączył się do polskiej partyzantki. Pod Węchadłowem, w czasie potyczki z oddziałem Narodowych Sił Zbrojnych mającej miejsce z 7 na 8 grudnia 1943, został ranny. Po utworzeniu w 1944 oddziału Armii Ludowej o nazwie „Partyzancki Oddział Polowy AL im. B. Głowackiego, został jego dowódcą przybierając pseudonim „Adam”. Po bitwie z ekspedycją niemiecką mającej miejsce 25 marca 1944 we wsi Sadkówka, Zygmunt Bieszczanin za umiejętne dowodzenie obroną został awansowany do stopnia kapitana.
Dowodzony przez niego oddział AL, kwaterujący razem z oddziałem Batalionów Chłopskich w lasach pod Skrobaczowem, 17 lipca 1944 został zaatakowany przez oddział Narodowych Sił Zbrojnych. Pomimo dużej przewagi będącej po stronie NSZ oddział Bieszczanina wydostał się z okrążenia. W walce zginęło 5 partyzantów, 4 z AL i BCh oraz 1 z NSZ.
Po utworzeniu 1 Brygady AL Ziemi Krakowskiej w stopniu kapitana został dowódcą 3 kompanii, biorąc udział w walkach z Niemcami na terenie tzw.