II wojna światowa W latach okupacji hitlerowskiej żydowscy wyznawcy Kościoła trafili do gett, a potem zginęli. Zginęli również księża misji białostockiej (o losach duchowieństwa warszawskiego brak wiadomości). Budynki Misji Barbikańskiej przetrwały wojnę praktycznie nienaruszone i w swej zasadniczej substancji zachowały się do dzisiaj (zob. Kościół Misji Barbikańskiej w Białymstoku). Natomiast obiekt misji warszawskiej został w 1939 uszkodzony, a w roku 1945 rozebrany na mocy decyzji Biura Odbudowy Stolicy.
Działalność Kościoła Anglikańskiego w Białymstoku, pomimo zachowania budynków dawnej misji, została ostatecznie zakończona na początku 1940 roku, kiedy radzieckie władze okupacyjne zlikwidowały misję i skonfiskowały jej zabudowania. Czas II wojny światowej przeżyła tylko Nina Fajans. Wyznająca prawosławie i była żoną Józefa – współpracownika Gorodiszcza. Inni zmarli w getcie albo komorach gazowych. Po 1945 r. wyjechała z Białegostoku do Wrocławia, gdzie zaczęła współpracować z tamtejszym zborem metodystów. Od 20 lipca do 4 sierpnia 1963 r. uczestniczyła w kursie kształcenia biblijnego, który odbył się pod warszawskim Klarysewie. W trakcie tego spotkania wygłosiła referat pt. „O przyjaźni w społeczności dzieci Bożych”. Zmarła w 1970 r. w domu starców w WęgrowieD.