Rok później Braves osiągnęli najlepszy bilans w historii klubu 104–58 i zdobyli mistrzostwo National League; w World Series przegrali drugi raz z rzędu, z Toronto Blue Jays 2–4. W sezonie 1995 Cox poprowadził zespół do pierwszego po przeniesieniu siedziby klubu do Atlanty zwycięstwa w World Series, po pokonaniu Cleveland Indians 4–2. W 2005 Braves zdobyli mistrzostwo NL East dwunasty raz z rzędu, a Cox po raz czwarty otrzymał nagrodę dla najlepszego menadżera w lidze. 8 czerwca 2009 w meczu z Pittsburgh Pirates, zaliczył 2000. zwycięstwo jako menadżer Braves. Po raz ostatni poprowadził zespół 11 października 2010 w meczu National League Division Series przeciwko San Francisco Giants.
W karierze menadżerskiej zanotował bilans 2413–1930–3, co daje mu czwarte miejsce w klasyfikacji wszech czasów pod względem zwycięstw za Conniem Mackiem, Johnem McGrawem i Tonym La Russą. 12 sierpnia 2011 przed meczem z Chicago Cubs miała miejsce ceremonia zastrzeżenia numeru 6, z którym Cox występował jako menadżer Braves.
Baseball Hall of Fame 9 grudnia 2013 został wybrany jednogłośnie przez 16 członków Expansion Era Committee do Galerii Sław Baseballu.