XV–XVI wiek W XV wieku rozbudowano zewnętrzny system obronny zamku. Po wykonaniu ziemnego tarasu otaczającego zamek wysoki powstał mur parchamu, przedbramie oraz urządzenia umożliwiające skuteczniejszą obronę przy użyciu broni palnej. W drugiej ćwierci lub około połowy XV wieku przy północno-wschodnim narożniku wzniesiono masywną basteję ogniową, a przy narożniku południowo-zachodnim trójboczne dzieło obronne.
W początkowym okresie wojny trzynastoletniej w 1454 roku zamek biskupi pozostawał początkowo poza bezpośrednim zasięgiem powstania Związku Pruskiego, chociaż samo miasto opowiedziało się po stronie związków ców i Polski. Biskup chełmiński Jan Marienau wkrótce przystąpił do Związku i zaakceptował projekt włączenia Prus do Królestwa Polskiego. Po II pokoju toruńskim w 1466 roku ziemia lubawska znalazła się w granicach włączonych do Polski Prus Królewskich, ale Lubawa wraz z zamkiem pozostały nadal własnością biskupów chełmińskich.
Pierwsze nowożytne przekształcenia średniowiecznej rezydencji przeprowadzono za biskupów Jana Konopackiego i Jana Dantyszka. Zmieniano układ i wystrój części wnętrz oraz powiększano otwory okienne. Źródła inwentarzowe odnotowują między innymi kamienny kominek z herbem.