Ponadto całym systemem edukacji wyższej kierował jeden rektor, a wszyscy pracownicy otrzymywali wypłaty z państwowego budżetu.
Jednakże na początku lat 80. tak scentralizowany system stał się zbyt uciążliwy, więc w 1981 roku zapadła decyzja o powołaniu trzech oddzielnych uczelni: Uniwersytetu w Kinszasie, Uniwersytetu Kisangani i Uniwersytetu Lubumbashi.
W latach 80. nowo powstały Uniwersytet w Kinszasie zmagał się z poważnymi problemami finansowymi, które spowodowane były zmniejszonym wsparciem ze strony rządu. 90 procent budżetu szkoły pochodziło bowiem ze środków państwowych, a tylko kilka z opłat studentów. To przełożyło się na fatalny stan i warunki panujące w kampusie. By temu przeciwdziałać władze uczelni w 1985 i 1989 roku podniosły opłaty za czesne o 500 procent, przeprowadziły głębokie cięcia wydatków oraz zawiesiły prawie wszystkie stypendia i pomoce finansowe dla studentów. Zmiany przyniosły pożądany skutek i w 2002 roku rząd dopłacił do uniwersyteckiego budżetu, wynoszącego 4,3 mln dolarów, jedynie 8000 dolarów.