Zakaz zniesiono w 1575, ale nowy młyn w Heerdt został zniszczony przez landesknecht z Neuss, a kolejny powstał dopiero w XVII wieku.
W okresie reformacji Heerdt doznało wielokrotnego zniszczenia, zarówno w czasie Wojny Kolońskiej, jak i wojny osiemdziesięcioletniej, z racji na bliskość do często obleganego Neuss. Liczba mieszkańców spadła z 500 w 1550 do 350 w 1600. Ponieważ ziemie Heerdt w tym okresie nie leżały we władaniu żadnej rodziny arystokratycznej, znajdowała się ona w rękach różnych grup społecznych. Dokument z 1599 informuje, że 30% ziem należało do kościoła, 25% do mieszczan z Kolonii, Düsseldorfu i Neuss a 15% do szlachty. Mniej niż 30% znajdowało się we władaniu mieszkańców miejscowości.
W 1794, wraz z całym dorzeczem Renu, tereny Heerdt znalazły się pod okupacją francuską. W tym okresie Heerdt należało do w i zyskało urząd . Po wycofaniu z tych ziem Francji, znalazła się ona w Prusach, a urząd Mairie przemianowano na Bürgermeistera. W 1816 miasto stało się częścią kreis Neuss. Chociaż formalnie Heerdt i pobliskie Büderich były oddzielnymi miastami, w praktyce urząd Bürgermeistera obu sprawowany był przez jedną osobę. W 1832 miasto zamieszkiwało 1172 osoby, wszystkie z wyłączeniem dwóch wiary katolickiej.