Wiosną 1940 został przetransportowany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji biura politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Został pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zidentyfikowano podczas ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 1716. Zwłoki rozpoznał dr Marian Wodziński, powołany przez Polski Czerwony Krzyż jako biegły sądowy w skład komisji dla zbadania miejsca zbrodni, który był krewnym szwagierki Mariana Wodzińskiego Krystyny z Drezińskich. Przy zwłokach Wiktora Kalicińskiego zostały odnalezione m.in. pismo ze Szpitala Wojskowego nr 504, wizytówka, karta szczepień, blok notesowy, kalendarzyk kieszonkowy, kartka z nazwiskiem doktora oraz wizytówka z treścią: „W razie śmierci zawiadomić żonę moją Kalicińską, Warszawa, Matejki 6 m. 1, 7 września 1939”.
Był żonaty z Anną, z domu Drezińską, z którą miał córkę Małgorzatę (po mężu Buraczewska) i syna Kajetana.