Cerkiew w Narojkach przeszła na własność Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w lutym 1839, na mocy postanowień synodu połockiego. Znalazła się wówczas w eparchii wileńskiej i litewskiej. Dopiero w tym momencie przekazano do niej cerkiewnosłowiańskie księgi liturgiczne – Ewangeliarz i Apostoł. Nie była już wówczas świątynią parafialną. W styczniu tego samego roku właściciel miejscowych dóbr, Onufry Pieńkowski (Pańkowski), poinformował biskupa Antoniego Zubkę, iż nie będzie w stanie opłacić budowy nowej cerkwi. Ponieważ Narojki znajdują się w niewielkiej odległości od Drohiczyna i znajdującej się tam cerkwi św. Mikołaja, ok. 500 osobom należącym do parafii w Narojkach nakazano uczęszczać właśnie tam, zaś odrębną placówkę duszpasterską we wsi zlikwidowano. De facto nastąpiło to w maju 1839, gdy dotychczasowy proboszcz parafii w Narojkach został przeniesiony do parafii w Rajsku. Cerkiew w Drohiczynie otrzymała również utensylia liturgiczne ze świątyni w Narojkach.