Była ona oddzielnym wydziałem w Departamencie Budownictwa Wodnego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, jej statut opublikowano w grudniu 1894. W tym samym roku opublikował pracę dotyczącą prognozy stanów wody. Opublikował też pracę dotyczącą zamulania się starorzeczy, parcia gruntu i ruchu pojazdów kołowych.
W 1895 otrzymał funkcję radnego sekcyjnego stając na czele Departamentu Dróg i Mostów, w którym stworzył Biuro Budowy Mostów. W 1896 dodatkowo premier Kazimierz Badeni wyznaczył Romualda Iszkowskiego do kierowania sprawami wodnymi w Galicji i Bukowinie, stworzył zespół złożony z inżynierów narodowości polskiej pozyskał znaczne fundusze na prace melioracyjne i regulację rzek. W 1897 został radcą ministerialnym w Komisji Regulacji Dunaju i Dyrekcji Budowy Kanałów Spławnych. W 1901 za zaangażowanie podczas prac Międzynarodowej Austriacko-Rosyjsko-Rumuńskiej Konferencji Regulacji Prutu otrzymał Cesarskim Rosyjskim Orderem św. Stanisława I klasy, Wielkim Krzyżem Oficerskim Królewskiego Orderu Rumuńskiego oraz Orderem Żelaznej Korony III klasy. 8 maja 1904 cesarz Franciszek Józef nadał Romualdowi Iszkowskiemu tytuł szlachecki, ale złożony ciężką chorobą inżynier prawdopodobnie nie był świadomy otrzymania tak wysokiego uznania. Zmarł 11 maja 1904.