W zespole UNLV występowali również Stacey Augmon oraz Greg Anthony i to właśnie ten skład okazał się wtedy najlepszym w NCAA, zdobywając mistrzostwo. W potyczce finałowej zawodnicy z Las Vegas zdetronizowali wręcz Duke 103-73. Johnson zdobył dla Runnin’ Rebels 22 punkty i 11 zbiórek, a mecz ten przeszedł do historii, jako spotkanie finałowe z najwyższą różnicą punktów pomiędzy zwycięzcą a pokonanym.
W kolejnym sezonie (1990/91) Johnson uzyskiwał średnio 22,7 punktu a jego zespół zanotował rekordowy rezultat 27–0. W turnieju NCAA zawodnicy z Duke zrewanżowali się Rebels za ubiegłoroczną porażkę i wyeliminowali ich w Final Four. Indywidualnie rozgrywki te należały do najbardziej udanych w jego dotychczasowej karierze. Po raz drugi z rzędu został nominowany do składu All-American, a oprócz tego otrzymał cały szereg naród dla zawodnika roku t.j: Naismith College Player of the Year, John R. Wooden Award, USBWA Player of the Year, NABC Player of the Year, Sporting News College Player of the Year, oraz po raz kolejny Big West Conference Player of the Year.