We wrześniu 1822 ojciec Arriagi, nakłoniony przez kompozytora José Sobejano y Ayala (1791 – 1857) wysłał Juana Crisóstomo do Paryża, gdzie w listopadzie tego roku rozpoczął naukę Seria artykułów napisana z okazji 200 rocznicy urodzin kompozytora.. Wśród nich były: lekcje gry na skrzypcach z Pierre’em Baillotem, kontrapunkt z Luigim Cherubinim i harmonia pod kierunkiem François Josepha Fétisa w Konserwatorium Paryskim. Arriaga zrobił dobre wrażenie na swoich nauczycielach. Cherubini, dyrektor konserwatorium od poprzedniego roku, będąc na przesłuchaniu nowego dzieła kompozytora – Stabat Mater, zapytał „Kto to napisał?” – na to odezwał się Arriaga. Dyrektor powiedział „Niesamowite! Jesteś muzyką samą w sobie”.
Arriaga wkrótce stał się asystentem nauczyciela na zajęciach Fétisa i swoim talentem także stał się zauważalny dla wykładowców, jak i innych studentów Konserwatorium. Cherubini uznał ośmiogłosową fugę Arriaga opartą na Credo Et Vitam Venturi za „arcydzieło”, Fétis był nie mniej wylewny. Zrobił wrażenie na wszystkich swoich opiekunach stosując zaawansowane harmonie, kontrapunkty itp. techniki bez ich nauczenia. Fétis zapoznawszy się z obecnie zaginioną operą Los Esclavos Felices („Szczęśliwi Niewolnicy”) stwierdził: „Arriaga, nie znając zasad harmonii, napisał hiszpańską operę pełną ciekawych i oryginalnych pomysłów”.