Po wybuchu I wojny światowej 18 duchownych serbskich zostało przez władze uznanych za nielojalnych i internowanych lub straconych bez wyroku sądowego.
W Patriarchacie Serbskim Po utworzeniu Królestwa SHS eparchia zwornicko-tuzlańska weszła w skład restaurowanego Patriarchatu Serbskiego. W czasie II wojny światowej zginęło 44 duchownych administratury, z czego czterech zamordowali Niemcy, 27 – ustasze, 12 – partyzantka socjalistyczna, a jednego – czetnicy. Obszar eparchii znalazł się w granicach Niezależnego Państwa Chorwackiego i żyjący na jej terenie prawosławni Serbowie podlegali tym samym represjom, co ich rodacy w innych częściach marionetkowego kraju. Odnową życia duchowego i zniszczonych budynków sakralnych w eparchii kierował po wojnie biskup Longin (Tomić), skierowany na katedrę zwornicko-tuzlańską w 1955. Kolejne straty materialne eparchia poniosła w czasie wojny w Bośni i Hercegowinie w latach 1992–1995. W jej rezultacie rezydencja biskupów musiała zostać przeniesiona do Bijeliny, a kilkadziesiąt świątyń i innych budynków sakralnych zostało zniszczonych.