W lipcu 2012 roku Gashi trafił do Grasshoppers Zurych. W nim zadebiutował 15 lipca 2012 w przegranym 0:2 domowym meczu z FC Sion. W sezonie 2012/2013 zdobył Puchar Szwajcarii i został wicemistrzem tego kraju. W sezonie 2013/2014 ponownie wywalczył wicemistrzostwo Szwajcarii.
W czerwcu 2014 Gashi podpisał czteroletni kontrakt z FC Basel. Grał w nim do końca 2015, a na początku 2016 został zawodnikiem Colorado Rapids. Spędził w nim 3 lata. Po czym rozwiązał kontakt z klubem
2 stycznia 2020 na zasadzie wolnego zawodnika przeszedł do szwajcarskiego FC Aarau. Rozegrał w nim 55 ligowych spotkań przez trzy lata.
1 lipca 2023 zakończył piłkarską karieręShkëlzen Gashi retires.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2006/07 FC Zürich Super League 1 0 2007/08 FC Schaffhausen Challenge League 16 3 2008/09 AC Bellinzona Super League 17 2 2009/10 AC Bellinzona Super League 13 1 2009/10 Neuchâtel Xamax Super League 12 1 2010/11 Neuchâtel Xamax Super League 1 0 2010/11 FC Aarau Challenge League 15 5 2011/12 FC Aarau Challenge League 26 17 2012/13 Grasshoppers Zurych Super League 28 5 2013/14 Grasshoppers Zurych Super League 32 19 2014/15 FC Basel Super League 31 22 2015/16 FC Basel Super League 10 3 2016 Colorado Rapids MLS30102017Colorado RapidsMLS1722018Colorado RapidsMLS2122019/20FC AarauSwiss Challenge League702020/21FC AarauSwiss