W 1299 roku rząd dynastii Yuan wysłał go do Japonii z dyplomatyczną misją nawiązania ponownych relacji z rządem bakufu. Po wylądowaniu w Japonii został pomyłkowo wzięty za szpiega chińskiego i uwięziony w klasztorze Shuzen-ji na półwyspie Izu. Wkrótce wyjaśniono pomyłkę i po przybyciu mistrza do Kamakury Sadatoki Hōjō mianował go opatem dwóch prestiżowych klasztorów zen, najpierw Kenchō, a następnie Engaku. Obecność słynnego chińskiego mistrza chan spowodowała tak wielki napływ mnichów i ludzi świeckich pragnących być jego uczniami, że klasztory nie były w stanie pomieścić wszystkich chętnych. Aby ograniczyć liczbę swoich uczniów, Yishan wprowadził system egzaminów, które miały między innymi wykazać literackie aspiracje zdających. Jednym z mnichów, którzy zdali ten egzamin był Musō SosekiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 36..
Yishan wprowadził do systemu nauczania zenu program kulturalno-religijny, który okazał się prekursorski do kultury systemu gozan. W 1313 roku został przez byłego cesarza Go-Uda (後宇多, pan. 1274-1287) mianowany opatem „Pierwszego Klasztoru Zen w Japonii” – Nanzen-ji. Jego sława jeszcze bardziej wzrosła osiągając swój zenit.