W 2004 rozpoczęto wstępne prace przygotowujące do odbudowy budynku, w 2010 rozpoczął się ich główny etap. Łączny koszt inwestycji oszacowano na 10 mln marek, z czego państwo bośniackie przekazało 250 tys..
Architektura Sobór w Mostarze został wzniesiony z kamienia. Reprezentował styl eklektyczny, łączący elementy barokowej architektury cerkwi serbskich w Austro-Węgrzech oraz starszego stylu bizantyjsko-bałkańskiego. Styl taki był efektem osobistych poszukiwań twórczych architekta; wzniósł on na Bałkanach jeszcze trzynaście podobnych świątyń prawosławnych. Była to budowla orientowana, zbudowana na planie krzyża, z kopułą na przecięciu nawy głównej i bocznej, wspartą na czterech filarach. Kolejne trzy kopuły wzniesiono nad pomieszczeniem ołtarzowym. Do cerkwi prowadziły trzy wejścia: od frontu, przez przedsionek z dzwonnicą, oraz od strony północnej i południowej. Okna w budynku były wydłużone, zamknięte półkoliście, na ścianach północnej i południowej było ich po siedem. W prezbiterium znajdowały się trzy okna.