System ten utrzymał się do tej pory, pomimo że biochemia pigmentu byłaby może bardziej użyteczna w naukowym zrozumieniu funkcji komórek.
Cząsteczki odpowiadające za powstawanie barw podzielić można na dwie odrębne grupy: pigmenty biologiczne (biochromes) i te tworzące barwy strukturalne (schemochromes). Do biochromów zaliczają się właściwe pigmenty jak karotenoidy, pterydyny, tetrapirole, flawiny, chinony, barwniki żółciowe, melaniny, indole. Ich cząsteczki selektywnie absorbują światło widzialne o pewnych długościach fali, odbijając światło o innej długości fali, docierające potem do oczu obserwatoraFox, DL. Animal Biochromes and Structural Colors: Physical, Chemical, Distributional & Physiological Features of Colored Bodies in the Animal World. University of California Press, Berkeley, 1976. s. 3-5. Z kolei barwy strukturalne tworzą się dzięki różnorodnym połączeniom zjawisk rozpraszania, odbicia i dyfrakcji światła. Wiele takich struktur interferuje z pewnymi długościami fali (która wyznacza barwę), przepuszczając inne, z uwagi na swą wielkość, wobec czego często wywołują tęczowanie, tworząc odmienne barwy dla obserwatorów spoglądających z różnych kierunkówFox, DL. Animal Biochromes and Structural Colors: Physical, Chemical, Distributional & Physiological Features of Colored Bodies in the Animal World.