W 1936 w Patriarchacie Antiochii doszło do rozłamu; metropolita Homs Epifaniusz, pozbawiony urzędu, ogłosił się patriarchą Antiochii i powołał konkurencyjny „Synod”. Schizma wewnątrzkościelna trwała pięć lat, do 1941, gdy Aleksander III zgodził się mianować Epifaniusza metropolitą Akki i proboszczem parafii św. Michała Archanioła w Latakii.
W 1943 Aleksander III pozytywnie odniósł się do nawiązania stosunków dyplomatycznych przez ZSRR z nowo powstałą niepodległą Syrią, a po pierwszych od 1917 wyborach patriarchy moskiewskiego i całej Rusi skierował telegram gratulacyjny do Stalina. Aleksander III odprawił również w Damaszku nabożeństwo w intencji dalszej bratniej współpracy z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym i przekazał 60 tys. funtów libańskich na potrzeby Armii Czerwonej. W 1945 był obecny na intronizacji kolejnego patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Aleksego I, którego następnie gościł w Syrii i Libanie. Jako patriarcha szczególnie zwracał uwagę na wykształcenie duchowieństwa, kierował syryjskich studentów teologii na naukę na Chalki, do Instytutu św. Sergiusza z Radoneża w Paryżu i do Aten.